Năm 2001, Jimmy Wales và Larry Sanger sáng lập hai bách khoa toàn thư Internet là Wikipedia và Nupedia. Dự án lúc đầu được tài trợ bởi Bomis, một công ty vì lợi nhuận của Wales. Tuy nhiên khi Wikipedia bắt đầu trở nên nổi tiếng thì dự án này thiếu nguồn tài chính và làm suy giảm nguồn lực của Bomis.[6] Do đó Wales và Sanger quyết định chuyển dự án sang mô hình từ thiện để gây quỹ cho dự án.[6] Wikimedia Foundation được thành lập vào ngày 20 tháng 6 năm 2003.[7][8]

Tháng 4 năm 2005, cơ quan Internal Revenue Service (IRS) của Hoa Kỳ thông qua quyết định rằng quỹ Wikimedia là một quỹ giáo dục nằm trong danh mục "giáo dục người lớn, giáo dục thường xuyên", điều này có nghĩa là tất cả đóng góp tới quỹ đều được khấu trừ thuế theo luật của Hoa Kỳ.

Ngày 25 tháng 9 năm 2007, hội đồng của quỹ Wikimedia ra thông báo rằng tổ chức sẽ chuyển trụ sở sang San Francisco Bay Area. San Francisco được chọn là trụ sở bởi vì khu vực này có nhiều tổ chức có cùng mục đích và các đối tác tiềm năng, cũng như có nguồn nhân lực tốt và rẻ hơn và cũng thuận tiện cho việc di chuyển quốc tế hơn so với St. Petersburg, Florida.[9][10][11].